Рубежом начала второго этапа считается обычно январский пленум ЦК 1987 г., когда М. С. Горбачёв изложил новый план преобразований. Во главу угла ставилась реформа политической системы, которая должна была повлечь за собой и социально-экономическое обновление общества. Именно после этого пленума в широкое употребление вошел новый штамп — "механизм торможения". Этим механизмом, по мнению Горбачёва, являлась косная политическая система, тормозившая экономическое развитие страны. Теперь основной задачей становилось изменение политической системы, развитие самоуправления народа.
Одним из основных орудий политической реформы стала гласность, которая теперь уже понимается более широко, чем прежде. Если раньше гласность направлялась на критику "искривлений" партийной линии, то теперь сами Горбачёв с Яковлевым подтолкнули прессу к критике сталинских мифов. Уже в январе 1988 г. дело дошло до создания комиссии по реабилитации жертв сталинских репрессий. Таким образом, сами руководители разоблачали идеологию своего государства как ложную — пусть и на предыдущем этапе. Из критики сталинских репрессий логически неизбежно вытекала и критика всей системы советского "социализма". Это наиболее явно проявилось на рубеже 1988-1989 гг., когда после долгих споров был положительно решен вопрос о реабилитации Солженицына, т. е. о том, чтобы начать печатать его явно антисоветские сочинения. Горбачёв и его товарищи сопротивлялись этому процессу лишь словесно, но разрешение на печать дали. Так, мало-помалу, гласность вышла из-под контроля Горбачёва. Из орудия, направленного против консерваторов за Перестройку, она превратилась в орудие, направленное против советской системы в принципе.
Независимые политические организации. В организационном отношении гласность проявилась в появлении "независимой" (от государства) печати и неформальных объединений (типа дискуссионных клубов). Весной 1988 г. крупнейшие из клубов объединились в Межклубную партийную группу, выступавшую в качестве самостоятельной политической силы. Тогда же, в конце весны и летом 1988 г., клубы стали перерастать в более массовые неформальные объединения — "народные фронты" в отдельных областях и городах. Пока их организаторы еще ставили целью углубление политики Перестройки, однако действовали они независимо от партийного руководства и все более оппозиционно по отношению к официальной идеологии. На этом этапе выяснилось, что нет единства и среди самих сторонников реформ, и среди вождей. На октябрьском Пленуме ЦК 1987 г. произошел так называемый "бунт Ельцина". Чутко улавливавший настроения масс Б. Н. Ельцин почувствовал, что у народа начала падать вера в Перестройку (за два с половиной года жить лучше так и не стало). И на Пленуме выступил против Лигачёва, которого считал главным виновником недостаточно решительного проведения реформ. После дружного осуждения Ельцина он был переведен с Московского горкома партии на второстепенную министерскую должность. Впрочем, это только прибавило ему популярности в народе, укрепило его авторитет борца с партийной бюрократией.
Тот же самый Лигачёв считается инициатором публикации в марте 1988 г. в одной из ведущих центральных газет, "Советской России", письма "Не могу поступаться принципами". Его автором была Н. А. Андреева, преподаватель одного из ленинградских вузов. Она указывала на то, что ведущаяся критика сталинизма отрицает всю советскую систему, и призывала защитить социалистические идеалы. Эта статья была объявлена "манифестом антиперестроечных сил" и получила резкий отпор Горбачёва со товарищи.
XIX партконференция. Крупнейшим событием 1988 г. считается XIX партийная конференция, проходившая в июне-июле. Ее значение определяется, во-первых, демократичной атмосферой заседаний. Впервые с 1920-х гг. делегаты действительно высказывали самостоятельные мнения, позволяя себе иной раз критиковать действия партийного руководства. Причем работа делегатов широко освещалась в средствах массовой информации, включая телевидение.
Во-вторых, конференция с подачи Горбачёва приняла решение о реформе политической системы. Предполагалось разделить функции государства и партии, обеспечив независимость законодательных органов от партии. С точки зрения организации органов власти реформу не назовешь принципиальной. Прежде высшим органом законодательной власти выступал Верховный Совет, нижняя палата которого избиралась населением напрямую, по территориальным округам. Теперь Верховный Совет стал избираться Съездом народных депутатов, который, в свою очередь, избирался населением. Главное в той реформе состояло в изменении процедуры выборов. Если ранее в избирательных бюллетенях значилась фамилия только одного кандидата, одобренного партийными органами, то теперь выборы стали альтернативными. Выдвигаться кандидатами получили право все желающие. Пытаясь обеспечить КПСС значительный вес в будущем парламенте, XIX партконференция установила, что по территориальным округам будут избираться две трети депутатов; остальные 750 человек избирались от общественных организаций (хотя и не обязательно политических). Помимо высшего управления, реформа затронула и нижний уровень: приняли решение о совмещении должностей главы партийного комитета и председателя Совета соответствующего уровня. Поскольку руководителя этого избирало население, такое нововведение должно было привести на руководящие партийные посты людей энергичных и практичных, способных решать местные проблемы, а не просто заниматься идеологией.
Именно после XIX партконференции распространяются массовые митинги "народных фронтов" (против различных ограничений), все чаще носящие антикоммунистический характер. Больше других выделялась организация "Демократический Союз" (ДС). В конце августа и начале сентября 1988 г. она провела в Москве два митинга, приуроченных к историческим датам, в ходе которых лидеры ДС призывали к свержению существующего строя. Участников ненадолго задержали, но репрессий не последовало. Отсутствие сопротивления со стороны властей поощряло противников власти к более решительным и более громким действиям. Осенью 1988 г. Горбачёв отстранил от влияния на идеологию представителей противоположных сторон — консерватора Е. К. Лигачёва (отправив его в международную комиссию ЦК) и либерала А. Н. Яковлева (его отправили на сельскохозяйственный фронт). Однако идеологическую комиссию ЦК возглавил В. А. Медведев. Он попал в секретариат ЦК и в Политбюро благодаря Горбачёву, в первые годы работал помощником Яковлева, так что его можно считать преемником Яковлева не только по должности, но и по содержанию. Таким образом, в результате этих перестановок произошло ослабление консерваторов.
Летом 1989 г. демократическая оппозиция оформилась в рамках высшего законодательного органа. Это произошло на I Съезде народных депутатов СССР, открывшемся в мае 1989 г. Численность Межрегиональной депутатской группы (МДГ), как назвали себя оппозиционеры, быстро достигла 15 % делегатов съезда. В числе ее вождей были Ельцин, вскоре умерший Сахаров, будущий московский мэр Г. Х. Попов. Руководство МДГ не ограничивалось парламентской деятельностью и стремилось сделать все, чтобы ослабить центральную власть. "Надо довести систему торговли до такого состояния, чтобы ничего невозможно было приобрести", — говорил Г. Х. Попов. "У нас есть деньги, чтобы платить штрафы. Есть список 30 адвокатов, которые будут защищать наших людей. Двигать дело будут те, кто не боится сесть на 15 суток и более", — говорилось на одном из предвыборных собраний МДГ.
Осенью 1989 г. в стране получила широкую поддержку инициатива одного из московских клубов по созданию Демократической платформы в КПСС. Требовали создания условий для развития многопартийности и, соответственно, низведения компартии до уровня лишь одной из многих. При этом Демократическая платформа все же объединяла людей, на том этапе разделявших традиционные для советского государства социалистические ценности. В то же время нарастали и антикоммунистические настроения. Они проявились в создании в течение первой половины 1990 г. целого ряда самостоятельных партий (Демократической, Социалистической, Республиканской и других). Их большинство объединилось в движение "Демократическая Россия". Основой объединения стал отказ от социалистических принципов в любом их виде. В преддверии выборов народных депутатов РСФСР "Демократическая Россия" развернула широкую пропаганду, основанную на обещаниях решить все проблемы, и немедленно. В ответ Горбачёв попытался усилить свою власть. На III съезде депутатов СССР в марте 1990 г., одновременно с отменой 6-й статьи Конституции, был учрежден пост президента СССР. Президента избирали не всенародно, а на Съезде народных депутатов. Первым президентом стал М. С. Горбачёв. Таким образом, он удачно перебрался с тонущего корабля КПСС во главу системы непартийной государственной
власти.
Национальные движения. Провозглашение гласности привело и к обострению национального вопроса. Именно осенью 1987 г. в Армении и странах Прибалтики появились движения за национальную независимость, к середине 1988 г. уже носившие массовый характер.
В 1988 г. произошли кровопролитные столкновения в Армении (Нагорный Карабах) и Киргизии (Фергана) — в тех районах, где титульная нация республики не была численно преобладающей. Эти события показывали слабость союзной власти, которая не смогла ни предотвратить их, ни железной рукой навести порядок.
Но еще более опасно с политической точки зрения развивались события в Прибалтике. С осени 1988 г. в Латвии, Литве и Эстонии действовали "народные фронты", по степени популярности у населения добившиеся наибольших в Советском Союзе успехов. Лозунги "Русские, убирайтесь вон!" выставлялись здесь совершенно открыто, однако ЦК КПСС делал вид, что проблемы не существует. В ноябре грянул первый гром — Верховный Совет (не "народный фронт", а законный высший орган) Эстонии принял декларацию о государственном суверенитете — верховенстве своих законов над общесоюзными. В первой половине 1989 г. такие же декларации приняли и Латвия с Литвой. В марте 1990 г. Верховный Совет Литвы принял акт "О восстановлении независимого Литовского государства. Литовская ССР переименовывалась в Литовскую Республику; взамен советской конституции вводился в действие Основной Закон Литовской Республики, составленный на основе конституции 1938 г. Примеру Литвы вскоре последовали "соседи-прибалты". В конце марта 1990 г. неожиданно для Горбачёва появился президент в Узбекистане. Отрицательно восприняв эту новость, Горбачёв тем не менее не предпринял мер по ликвидации самодеятельности.
Итак, политические реформы Перестройки довели дело до постановки под вопрос целостности самого государства. Возможно, политические процессы могли бы оказаться не столь разрушительными при более благоприятном положении в экономике.