Главнейшая особенность советской экономики — ее подчиненность государству. Партийные и государственные органы оказывались заодно органами хозяйственного управления. Вполне естественно, что для развития промышленности Хрущёв решил реформировать систему управления.
Наиболее острые проблемы системы управления были связаны с чрезмерной централизацией. Например, два предприятия в одном городе, относящиеся к разным министерствам, не могли провести пустяковую сделку, не запросив согласия на то Совета министров. Из-за отсутствия прямой связи предприятий одного региона один и тот же товар в один и тот же город мог одновременно ввозиться по линии одного министерства и вывозиться по линии другого. Очевидным решением представлялось расширение самостоятельности местных органов власти. Несколько постановлений в этом направлении было принято уже в 1954-1955 гг. Но главным мероприятием стало создание советов народного хозяйства — совнархозов. В июле 1957 г. десяток центральных промышленных министерств сменился сотней совнархозов. Каждый из них на областном уровне объединял сферу действия всех упраздненных министерств.
Это не принесло ожидаемого результата. Недостаток взаимодействия между отраслями сменился недостатком взаимодействия между областями. Пытаясь решить эту проблему, в 1962 г. число совнархозов сократили вдвое и создали объединяющих их работу Совнархоз СССР (со следующего года именовавшийся Высшим советом — ВСНХ). Другая, наряду с совнархозами, попытка усовершенствовать управление относилась к партийным органам. В ноябре 1962 г. вся партия, включая низовые организации, оказалась разделена на промышленную и сельскохозяйственную части. Таким образом, эта реформа по своей сути прямо противоречила идее совнархозов. Разделение проводилось в значительной степени искусственно. Кроме того, замысел реформы не учитывал наличие непроизводственных отраслей (науки, образования, культуры), которые остались, таким образом, без присмотра. Единственное определенное следствие разделения партии — численный рост партийной бюрократии.
Плоды хозяйствования Хрущёва были столь разными на разных этапах, что его правление часто даже разбивают на два этапа.
Первые годы, продолжив тенденцию пятой пятилетки (1951-1955), оказались удачными в экономическом отношении. Промышленный рост в 1956-1958 гг. даже обгонял плановые показатели (составляя 10-15 % в год). Был введен в строй ряд крупных металлургических комбинатов, электростанций и других предприятий. Все это дало Хрущёву повод повысить показатели на грядущие годы, не дожидаясь конца шестой пятилетки (она началась в 1956 г.). Одобрение нового плана стало специальной задачей XXI съезда партии, созванного в январе 1959 г. Заодно Хрущёв решил сделать планирование более долгосрочным: 1959 г. объявили первым годом семилетки (после отставки Хрущёва произойдет возврат к прежним срокам планирования, поэтому череда пятилеток так и не прервется: 1961-1965 годы вошли в советскую статистику как седьмая пятилетка). Эйфория от первых успехов заставила Хрущёва в 1961 г. провести через съезд КПСС новую программу партии. В ней содержалось утверждение, что через двадцать лет в СССР будет построено коммунистическое общество. Это программное положение стало впоследствии одним из главных предметов насмешек над Хрущёвым.
Однако 1960-е гг. принесли явное ухудшение результатов как в промышленности, так и в сельском хозяйстве. Уже говорилось о том, что именно Хрущёв заложил традицию покупки хлеба за границей. В 1960-е гг. продолжился устойчивый отток населения из деревень в город. С 1959 г. стали снижаться темпы промышленного роста. Среднегодовой темп прироста национального дохода сократился с 12 % в середине 50-х гг. до 4 % в 1963 г. Рост производительности труда снизился с 7-8 % в пятой пятилетке до 4,2 % в первой половине 1964 г. Усилился дефицит потребительских товаров.
В 1961 г. пришлось прибегнуть к денежной реформе. Деноминация по форме (обмен 10 старых рублей на один новый с сокращением на порядок всех цен) по существу стала скрытым повышением цен (зарплата сократилась более существенно, чем цены). Еще одно повышение цен, теперь уже открытое (на 20-30 %), произошло весной 1962 г. Население ответило массовыми проявлениями недовольства в ряде городов. Наиболее острую форму приняли беспорядки в Новочеркасске. Для их прекращения пришлось применять войска; погибло более двух десятков человек; еще семерых зачинщиков расстреляли по приговору суда.